Sau gần hơn 9 năm thi hình Luật tài nguyên nước 2012 và các văn bản quy định chi tiết được ban hành và tổ chức thực hiện, công tác quản lý tài nguyên nước đã đạt được các thành tựu quan trọng như thể chế, chính sách, trong quản lý khai thác, bảo vệ tài nguyên nước, phòng chống khắc phục tác hại do nước gây ra, đảm bảo anh ninh quốc phòng; tạo được những quan hệ ngoai giao về nguồn nước và nguồn thu từ tài nguyên nước đạt cao.
Luật tài nguyên nước 2012, liên quan đến tài chính về tài nguyên nước gồm 02 điều liên quan đến nguồn thu ngân sách nhà nước từ hoạt động tài nguyên nước (điều 64) và Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước (điều 65). Theo đó, quy định một số trường hợp khai thác sử dụng tài nguyên nước, ngoài việc phải đóng thuế tài nguyên nước và các khoản thuế khác theo quy định của pháp luật về thuế; phí, lệ phí theo quy định của pháp luật về phí lệ phí còn nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước. Quy định này nhằm coi nước là tài sản quốc gia, bảo đảm lợi ích của nhà nước với tư cách đại diện chủ sở hữu tài nguyên nước, nâng cao ý thức và trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong việc khai thác, sử dụng nước tiết kiệm, hiệu quả và bảo đảm sự công bằng. Theo số liệu của Tổng cục Thuế, tổng số tiền thuế tài nguyên nước thu được từ năm 2013 đến tháng 7/2021 khoảng 48.000 tỷ đồng, trong đó riêng thủy điện đóng góp khoảng 43.600 tỷ đồng (chiếm 91%).
Đối với tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, theo quy định của Nghị định số 82/2017/NĐ-CP ngày 17 tháng 7 năm 2017 của Chính phủ quy định về phương pháp tính, mức thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thì tiền cấp quyền là một loại chi phí được xác định trong giá thành sản xuất. Theo thống kê tính đến ngày 30 tháng 7 năm 2021, cơ quan thẩm quyền đã phê duyệt được 772 công trình tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước với tổng số tiền khoảng 11.500 tỷ đồng, gồm 159 công trình khai thác nước dưới đất (trong đó 78 công trình khai thác nước cấp cho các nhà máy nước, 81 công trình khai thác nước dưới đất khác (sản xuất, kinh doanh, dịch vụ...), 613 công trình khai thác nước mặt (trong đó có 549 công trình thủy điện, 5 công trình hồ chứa thủy lợi, 30 công trình khai thác nước cấp cho các nhà máy nước, 29 công trình khai thác nước mặt khác (làm mát, sản xuất, kinh doanh, dịch vụ...). Bên cạnh đó, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thu được khoảng 540 tỷ đồng. Luật Tài nguyên nước sửa đổi, Cục Quản lý tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường cho biết, sẽ đề nghị bổ sung điều, khoản quy định về yêu cầu, căn cứ tính đủ, đúng giá thành sản xuất đối với sản phẩm có sử dụng tài nguyên nước. Quy định này mới dừng lại ở phạm vi tiền cấp quyền khai thác nước, trong khi đó liên quan về các vấn đề an toàn, bảo vệ, phát triền nguồn nước khai thác cần phải có các chi phí nhất định. Vì vậy, kết cấu giá thành còn cần tính đến các yếu tố khác để đảm bảo tính đúng, tính đủ để xác định đúng hiệu quả của tài nguyên nước. Do chưa có hành lang pháp lý để các tổ chức, đơn vị triển khai thực hiện khi hoạch toán giá thành sản xuất đối với sản phẩm có sử dụng tài nguyên nước nên mặc dù hiện nay các ngành cũng đã có những quy định riêng trong tính toán tổng giá thành sản phẩm kinh doanh nhưng mới dừng lại ở quy định chung về chi phí nguyên liệu đầu vào (chi phí vật tư trực tiếp, chi phí nhân công, chi phí quản lý kinh doanh, chi phí sản xuất trực tiếp, chi phí bán hàng…). Điều này dẫn đến các đơn vị, tổ chức, doanh nghiệp chưa tính toán đủ giá thành sản phẩm (một phần do chưa tính đúng, tính đủ giá trị của nước kết cấu trong sản phẩm) dẫn đến chưa không phản ánh đúng chi phí bỏ ra, làm triệt tiêu động lực phát triển, không kêu gọi được các nhà đầu tư ở các thành phần kinh tế tham gia vào công tác bảo vệ và phát triển tài nguyên nước. Điều này là nguyên nhân chính dẫn đến việc sử dụng nước không tiết kiệm, thất thoát, lãng phí nước và gây thất thu ngân sách nhà nước.