Ngoài hệ thống chính sách, pháp luật là kim chỉ nam, hoạt động quản lý môi trường hiện nay sử dụng 4 công cụ. Đó là: Đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và cấp các giấy phép về môi trường; Thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường; Kiểm soát ô nhiễm và xử lý các nguồn gây ô nhiễm; Quan trắc môi trường.
Đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường và cấp các giấy phép về môi trường là một nhóm hoạt động quản lý nhằm kiểm soát về mặt môi trường các dự án, các hoạt động sản xuất, kinh tế. Đánh giá môi trường chiến lược là quá trình nhận dạng, dự báo xu hướng của các vấn đề môi trường chính, làm cơ sở để tích hợp, lồng ghép giải pháp bảo vệ môi trường trong chính sách, chiến lược, quy hoạch. Đánh giá tác động môi trường là quá trình phân tích, đánh giá, nhận dạng, dự báo tác động đến môi trường của dự án đầu tư và đưa ra biện pháp giảm thiểu tác động xấu đến môi trường. Giấy phép môi trường là văn bản do cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp cho tổ chức, cá nhân có hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ được phép xả chất thải ra môi trường, quản lý chất thải, nhập khẩu phế liệu từ nước ngoài làm nguyên liệu sản xuất kèm theo yêu cầu, điều kiện về bảo vệ môi trường theo quy định của pháp luật. Theo Luật Bảo vệ môi trường 2020, thanh tra môi trường thường xuyên được tiến hành trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành. Thanh tra đột xuất được tiến hành theo quy định khi phát hiện cơ quan, tổ chức, cá nhân có dấu hiệu vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường; theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng. Việc thanh tra đột xuất không được công bố trước trong trường hợp cần thiết; Trong quá trình kiểm tra, thanh tra, cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường các cấp có trách nhiệm chuyển hồ sơ trường hợp có dấu hiệu tội phạm về môi trường cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật; phối hợp với lực lượng Cảnh sát phòng, chống tội phạm về môi trường kiểm tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với tổ chức, cá nhân khi có yêu cầu.
Hoạt động kiểm tra, thanh tra về bảo vệ môi trường bảo đảm không chồng chéo, không làm ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ bình thường của tổ chức, cá nhân; có sự phối hợp của cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường lực lượng Cảnh sát phòng, chống tội phạm về môi trường và các cơ quan khác có liên quan. Kiểm soát ô nhiễm là quá trình phòng ngừa, phát hiện, ngăn chặn và xử lý ô nhiễm. Theo đó, cần kiểm soát ô nhiễm đối với môi trường nước, đất, biển… Theo Luật Bảo vệ môi trường 2020, các nguồn thải vào môi trường nước biển phải được điều tra, đánh giá và có biện pháp ngăn ngừa, giảm thiểu, kiểm soát chặt chẽ, xử lý đáp ứng yêu cầu về bảo vệ môi trường. Các nguồn phát thải bụi, khí thải phải được quan trắc, đánh giá và kiểm soát theo quy định của pháp luật. Luật cũng quy định phải thực hiện biện pháp kiểm soát khu vực ô nhiễm môi trường đất gồm khoanh vùng, cảnh báo, không cho phép hoặc hạn chế hoạt động nhằm giảm thiểu tác động đến sức khỏe con người. Quan trắc môi trường bao gồm quan trắc chất thải và quan trắc môi trường, được thực hiện thông qua quan trắc tự động, liên tục, quan trắc định kỳ, quan trắc theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Dự án đầu tư, cơ sở, khu sản xuất, kinh doanh, dịch vụ tập trung, cụm công nghiệp có phát sinh chất thải ra môi trường phải thực hiện quan trắc theo quy định. Luật pháp Việt Nam khuyến khích tổ chức, cá nhân tham gia quan trắc môi trường và công bố thông tin về chất lượng môi trường cho cộng đồng theo quy định của pháp luật. Tổ chức, cá nhân quan trắc môi trường và công bố thông tin về chất lượng môi trường cho cộng đồng chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của thông tin. Hoạt động quan trắc môi trường phải bảo đảm chất lượng và kiểm soát chất lượng, cung cấp kết quả quan trắc chính xác, tin cậy. Phương tiện, thiết bị quan trắc môi trường phải được kiểm định, hiệu chuẩn theo quy định của pháp luật về đo lường.